蛋白質除了是組成身體的重要元素外，蛋白質還可以調節身體的酸鹼度與滲透度，並且與脂肪、碳水化合物一樣，可以用來燃燒，供給能量。當然，身體會拿來燃燒的，通常第一個是碳水化合物，再來是脂肪，最後才會用到蛋白質。而減肥時，最先減的體重，通常第一是水分，其次是脂肪，最後才是蛋白質。所以，蛋白質是人體最重要的基本組成物質，非不得已，身體不會拿蛋白質來燃燒。
　　
如果吃了過多的碳水化合物，身體會自動儲存為肝糖或脂肪，但是蛋白質不容易被儲存起來。所以蛋白質吃得太多，身體就會消化、吸收，變成尿素，從血液到腎臟，再把多餘的尿素從尿液中排掉，易造成肝腎負擔。腎臟和肝臟病人不能吃太多蛋白質。
　　
但是吃得太少也不行，蛋白質吃得太少最容易出現在素食者身上，特別是吃全素的人。很多吃全素者認為蔬菜裡有足夠的蛋白質，其實是非常不夠的，必須要搭配豆類來補充。
　　
蛋白質中的酪氨酸，在體內會轉換成甲狀腺素、腎上腺素、正腎上腺素與多巴胺。
甲狀腺素可調節基礎代謝率，當酪氨酸缺乏引起甲狀腺素低下時，身體會很怕冷、疲倦、皮膚乾燥、嗜睡及體重增加。腎上腺素是應急時非常重要的激素，當腎上腺素缺乏時，身體應付突發狀況的能力會降低，平時也是一副有氣無力的樣子。而大腦裡的多巴胺也很重要，它是讓我們精神很好、記憶力強的重要元素，如果多巴胺缺乏，就有可能引發憂鬱症。所以，光是一個酪氨酸的缺乏，就會導致一連串的內分泌、神經和代謝的失調。
　　
色氨酸，它可以直接從蛋白質中分解而來，也可以從苯丙氨酸轉換而來。色氨酸在身體中會轉換成5-HTP，然後再轉換成血清素。血清素能讓大腦變得很安寧，很愉悅，也很放鬆。所以當我們吃到富含色氨酸的食物的時候，大腦裡的血清素會提高，身體變得很放鬆，情緒也會很好。如果缺乏色氨酸，則容易形成憂鬱症、失眠、煩躁、注意力不集中、經前症候群、偏頭痛和對疼痛特敏感等問題。研究發現，火雞肉裡含有豐富的色氨酸成分，所以吃了會覺得放鬆、愉悅而且舒適。
　　
血液中各種氨基酸的平衡與穩定是很重要的，而這些氨基酸都是從飲食中取得的。只要蛋白質攝取足夠，身體自然會使用它製造想使用的氨基酸，使身體平衡，健康。
　　
身體裡面還有哪些激素和蛋白質有關呢？如胰島素、升糖指數、副甲狀腺素、腎上腺皮質刺激素、抗利尿激素與生長激素都是。這些激素若不是從蛋白質裡用氨基酸作原料，就是結構裡有一串東西是氨基酸。蛋白質若缺乏，這些激素都會受影響。
　　
我們體內的紅血球、白血球及免疫球蛋白，也就是抗體，都是由蛋白質構成的。所以，蛋白質如果吃得太少，免疫系統會出問題。球蛋白這些蛋白質是用來輸送血液中鈣、鋅和維生素B6這些養分的。還有些蛋白質專門輸送鐵質、維生素A、氧氣和銅等。
　　
消化道也有很多酶，負責消化蛋白質、脂肪和澱粉等，例如，胃蛋白、胰脂肪和胰澱粉等，都是由蛋白質構成的。還有，人是恆溫動物，必須不斷地製造能量以維持體溫，也需要酶的幫忙。血液的凝固和肌肉的收縮等、大部分的人類生化反應，都需要酶的存在。除了酶，我們還需要輔酶（輔助酶），包括鋅、鐵、銅、B族維生素等。